Para o CPF sair no cupom tem que marcar o checkbox 'CPF na NFC-e', conforme a imagem abaixo:
Depois tem que teclar "SHIFT + F4" para abrir a tela para a digitação do CPF. Conforme a imagem abaixo:
Digite o CPF do cliente e de "Enter". Depois é só finalizar o cupom normalmente, e o CPF saíra impresso no cupom.